No dia 9 de junho, o campus da USP passou pelo seu primeiro incidente violento, devido à invasão da Universidade pela Polícia Militar. No final da tarde deste dia, funcionários, professores e estudantes em greve caminhavam em direção à reitoria para realizar uma assembleia. Foram atingidos por bombas de efeito moral e balas de borracha. Doi funcionários foram presos, e um estudante também foi detido.


Os professores da USP haviam iniciado no dia 5 de junho uma greve por tempo indeterminado. Os docentes planejavam um dia de paralisação, mas a presença efetiva da Polícia Militar no campus Butantã desde o dia 3 de junho apressou o início de uma greve permanente. Desde o início do mês a Força Tática da Polícia Militar já havia ocupado todas as unidades do campus, a fim de desmontar os piquetes organizados pelos servidores da universidade, paralisados desde o dia 5 de maio. Com a instalação da PM, professores e alunos resolveram aderir à manifestação.


Tanto funcionários quanto professores defendem um reajuste para repor as perdas salariais, e também aumento proporcional à inflação dos últimos 12 meses. Outro protesto é contra o projeto do governador José Serra (PSDB) de criar a Universidade Virtual do Estado de São Paulo (UNIVESP), que dará formação superior a professores de ensino médio por meio de aulas semipresenciais. A medida contribui para a precarização do ensino. Também reivindicam a retirada da polícia do campus, e o fim da criminalização progressiva das entidades representativas (DCE e Sintusp), além de seus membros.

No dia 18 de junho foi feita uma nova manifestação, com cerca de 5000 participantes. O estudante de Artes Cênicas, Paulo Bio, conta que estão sendo realizadas atividades durante a greve: aulas públicas, debates, cinema, ocupações artísticas etc. Nessa semana, após a retirada da PM pela reitora Suely Vilela, o Fórum das Seis (entidade que agrega representantes de professores, funcionários e estudantes das três estaduais) aceitou retomar as negociações com o CRUESP (Conselho de Reitores das Universidades Estaduais Paulistas).